Методологические проблемы возникают и в связи с проблемой выбора между «вертикальной* и «плоской» иерархией, которая частично затрагивалась уже в представленной выше работе Г. Саймона «Пословицы управления».
Вертикальные цепочки развивались во многих ранних моделях организаций. Развитие вертикальной иерархии стимулировалось принципом узкого распределения обязанностей, сочетаемого с разнообразием задач и взаимозависимостью деятельности. Представление о том, что каждый начальник должен иметь ограниченное количество подчиненных, вело к увеличению командной цепочки для обеспечения связи между начальниками и подчиненными на каждом уровне в интересах общей координации действий.
Плоские иерархии были известны довольно давно, но в последнее время получили значительное распространение. В плоской иерархии вышестоящие руководители объединяются в коллегии, советы директоров, а все подчиненные рассматриваются как равные, или же все в организации находятся в равных условиях. Современный пример такой организации — научно-исследовательская группа; хотя среди членов такой группы может существовать деление, и есть научный руководитель, но нет определенного официально назначенного руководителя, а есть лишь тот, кого выбирают сами члены группы. Принятие решений в такой структуре происходит на основе взаимного уважения друг друга, что в определенной степени напоминает модель «организационного гуманизма».
Среди наиболее важных различий между двумя типами структур в наибольшей степени выделяются проблемы коммуникации. Многие эксперты отмечают, что чем больше слоев в организации, тем меньше шансов прохождения информации через все эти уровни без искажений. Для сотрудников нижнего звена и внешних клиентов, в связи с такими сложностями, оказывается практически недоступно высшее руководство. Кроме того, проблемы централизации и децентрализации наиболее остры в организациях с вертикальной иерархией.